Me auto contesto yo... He revisado todo, pensé que el problema al cargar podia estar en el boot.dol... y bingo!!, he descargado el swiss, he metido el boot.dol que viene ahi directamnte (la unica pega es que no cabe en una tarjeta de memoria de 59 bloques, tiene que ser mayor, en mi caso la tenia... si no hubiera tenido que conseguirla) y he conseguido que cargue el swiss con los xploit de zelda twilight princess, zelda wind waker, splinter cell y Super Smash Bros. Melee, con el mario sunshine no he conseguido que funciones, pero seguramente algo se me escapa.
Si alguien más le pasa que le reinicia sin cargar el swiss y tiene la tarjeta en fat32, que no se olvide probar con el boot.dol del swiss directamente...